La estructura organizativa de la Facultad involucra a seis Secretarías que dependen del Decanato, las cuales tienen claramente especificadas sus funciones: Secretaría Académica, Secretaría de Planificación e Innovación Universitaria, Secretaría de Gestión Institucional, Secretaría de Posgrado, Secretaría Económico Financiera y Secretaría de Investigación.